裁量労働のみなし時間制は、労働者を「当該業務に就かせたとき」に適用される（労基法38条の3）。裏返せば、当該業務に就かせなかった場合は、適用されないことになる。どういう場合かというと、「（1）欠勤・休暇等で勤務をしない場合」「（2）裁量労働業務以外の業務に就いた場合」とくに（2）の裁量労働業務以外の業務に就いた場合は、みなし時間はもちろん適用されない。通常勤務として一般の始業時刻から終業時刻までの労働として取り扱われる。労使協定や就業規則においては、この旨の定めをしておく必要がある。なお裁量労働制の適用対象者を限定し、入社1年間は適用を除外するのはかまわない。
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